Ghost Recon Advanced Warfighter 2 (GRAW 2) gaat direct verder waar het eerste deel op hield. Na de mislukte 'coup d'etat' missie, hebben de overgebleven Mexicaanse rebellen zich verzameld bij de Amerikaanse grens. Het is aan jouw en je elite Special Forces team om deze rebellen binnen 72 uur uit te schakelen, want anders is er een goede mogelijkheid dat er een nucleaire bom op Amerikaans grondgebied tot ontploffing wordt gebracht.

Wederom het grootste gameplay-element in deze telg van de Ghost Recon-serie is dat je vrijwel achter elk object kunt schuilen. Met een druk op de knop plaats je jezelf met je rug tegen een muur, auto of ander object waardoor je zorgvuldiger te werk kunt gaan om rebellen uit te schakelen. Daarnaast kun je, net als in het voorgaande deel, wederom verscheidene opdrachten geven aan je team. Zo kun je precies aangeven welke tegenstander ze moeten aanvallen, met welk geschut ze dat moeten doen en wanneer ze in actie moeten komen. Een nieuwe toevoeging in Tom Clancy's Ghost Recon Advanced Warfighter 2 is de Medic. Het komt nog wel eens voor dat een van je teamleden zwaar gewond raakt. Je kunt de Medic dan opdracht geven om hem op te lappen. Omdat de Medic minder zwaar bewapend is en geen gewonden kan verzorgen een schieten tegelijk zul je een goed oogje op hem moeten houden.

Ghost Recon Advanced Warfighter 2 gebruikt een aangepaste engine van het eerste deel. In tegenstelling tot de eerste GRAW zijn de explosies en rookeffecten fors aangepast. Explosies reageren helemaal op de omgeving: ze slaan gaten in de grond, knallen door ramen en andere openingen in plaats van er omheen en laten enorme rookwolken achter. Rook is ditmaal ook realistischer in beeld gebracht. Stof- en rookwolken bewegen bijvoorbeeld om objecten, personages en gebouwen heen en reageren op wind.

In sommige missies heb je de beschikking over onder andere een Ground Drone. Deze is vergelijkbaar met de UAC Air Drone, maar beweegt zich snel voort over het speelveld en kan door de speler van afstand worden bestuurd. Je kunt het apparaatje gebruiken om wapens en munitie naar je te brengen, maar het is zelfs mogelijk om het als cover te laten fungeren.

In GRAW 2 speel je zowel op Mexicaans, als op Amerikaans grondgebied, waarbij de verschillen tussen beide landen zeer duidelijk naar voren komen. Tevens bevind je je vaker dan je lief is in open terrein waardoor je nog voorzichtiger te werk moet gaan. De gevechten in GRAW 2 zijn verdeelt over twaalf singleplayer levels, zes coöperatieve levels en er zijn ook nog veertien multiplayer arena's.